Глава I: Вводная глава, показывает тренировку Зака и знакомит нас с новым персонажем - Ангилом.

Глава II: В данной главе нам показан отрывок из войны в Вутае, вернее - ее завершении. Нас ждет встреча с Юффи, Лазардом, а также таинственное исчезновение Ангила.

Глава III: В данной главе вы познакомитесь с родиной Генезиса, матерью Ангила, а также увидите тонкости работы Турков и то как Шин-Ра заметает неугодные ей следы.

Глава IV: Расскажет о штурме здания компанииШин-Ра клонами и машинами Генезиса, покажет Турков и давние отношения Сефироса, Ангила и Генезиса.

Глава V: В этой главе Зак познакомиться с Айрис и сходит с ней на свидание, которое бессовестно прервет Генезис своей атакой на штаб-квартиру Шин-Ра.

Глава VI: В данной главе Зак в сопровождении нескольких солдат, один из которых Клауд, проводит расследование северной деревеньки, где его ждет "финальная" встреча с Ангилом и Генезисом.

Глава VII: Рассказывает об отпуске Зака в Коста дель Соль, внезапно прерванном атакой клонов Генезиса на Джунон, в попытке похитеть Холландера.

Глава VIII: Рассказывает о том, как Зак помогал Айрис собрать тележку для продажи цветов, встретил клонов Ангила и получил новое задание.

Глава IX: Показывает во всех деталях печально известный инцидент в Нибельхейме, где Сефирос, обезумев убил всех мирных жителей и сжег город.

Глава X: Вводная глава, показывает тренировку Зака и знакомит нас с новым персонажем - Ангилом.

Эпилог: завершает историю игры, показывая печально неудавшееся бегство Зака с Клаудом от Шинры.