Много лет назад :

На неизвестной планете, чрезвычайно агрессивная раса ведет войну, в итоге приводящую к гибели всей планеты. Огромный кусок планеты, отлетевший от планеты, летит сквозь космос, неся на себе миллионы своих жителей, а также элементы фауны самых разнообразных размеров. Столь длительный полет на осколке умершей планеты погубил всех живущих на нем. Но погибшие создания были сполна переполнены злобой и страданиями, что стали призраками, некой энергетической субстанцией со способностью вырывать души из любого живого существа, к которому они прикасаются. Они также могут инфицировать живое существо изнутри и брать под контроль его тело и душу.

2031-2065 годы :

Кусок планеты, несущий фантомов врезается в Землю, предоставляя Фантомам доступ к новой планете . Наступает хаос и миллионы погибают.

Доктор Сид (Dr. Sid), главный специалист по био-эфирной энергии в Новом Нью-Йорке, определяет энергетическую волну Фантомов. Он помогает создать барьер, который не пропускает через себя Фантомов, также он придумывает способ с помощью которого можно причинить вред нематериальным противникам людей. Вокруг оставшихся городов на Земле, возводятся защитные барьеры.

Войсками командует Генерал Хейн (General Hein), (семья которого была убита Фантомами) ведомый жаждой мести и убежденный, что полное уничтожение Фантомов возможно только силовым путем. Военные сооружают огромную орбитальную пушку, названную Зевс, предназначенную для того, чтобы вести огонь по логову Фантомов – месту, куда упал их метеорит.

Исследования доктора Сида позволяет ему найти другой путь решения проблемы. Так как Фантомы являют собой энергетическую сущность, то иначе говоря они являются определенный энергетической волной и если создать волну точно противоположную, то она нейтрализует Фантомов. Сид также против использования пушки Зевс, так как она может повредить планете, которая по мнению Сида является живым существом и имеет душу именуемую как Гайя. Зевс несомненно бы нанес мощный ущерб Земле, вынуждая Фантомов углубится еще дальше в недра земли, что привело бы к печальным последствиям.

Сид разрабатывает теорию био-эфирной волны способной нейтрализовать Фантомов раз и навсегда. Он делит теоретический образец на восемь частей, которые нарекает Духами. Только определенные формы жизни могут нести в себе Дух и это требует тщательного сканирования окрестностей Нью-Йорка. На одной из самых первых миссий, его протеже доктор Аки Росс инфицируется Фантомами. Сид обнаруживает, что сама Аки несет в себе первый Дух и именно частицы Духа позволяет ей успешно сдерживать развитие Фантома в себе, что доказывает верность его теории о волне.

Аки не знает наверняка сможет ли Дух всегда сдерживать Фантома и она начинает отчаянные поиски оставшихся Духов. Она находит еще четыре, каждый раз имплантируя нового духа в терминал на груди, усиливая тем самым между ними связь и вероятность сдержать Фантома. Вскоре Аки начинают снится странные сны о чужой планете и войне инопланетян друг с другом, но она не понимает кто они и откуда. Она записывает сны для дальнейшего изучения.

2065 год:

На ее шестой миссии, Аки сталкивается с военным патрулем группы Deep Eyes, возглавляемой Грэем Эдвардсоном, другие члены группы Нэйл Флеминг, Рьян Витаккер и Джейн Праудфут. Аки получает шестого Духа, находящегося в растении и возвращается вместе с отрядом на город за барьером 42 Нью-Йорк. Во время полета выясняется, что Аки и Грэй уже знакомы.

При сканировании всех членов отряда выясняется, что Грэй был инфицирован Фантомом. Но Аки успешно оперирует Грэя био-эфирной хирургией, уничтожая Фантома.

Проходит консульское собрание, где генерал Хейн и доктор Сид отстаивают свои точки зрения на решение проблемы с Фантомами. Но совет не верит в теорию Сида и Аки показывает свой весомый аргумент – сдерживаемого Фантома внутри себя, удерживаемого шестью Духами. Совет запрещает использовать Зевс до тех пор, пока Сид не закончит свое исследование. Генерал Хейн абсолютно не верит, что теория Сида о волне Духа может помочь и он решает сокрушить веру совета в рассказанное Сидом и Аки.

Генерал Хейн поручает отряду Deep Eyes приглядывать на Аки на следующей миссии. Он говорит Грэю, что Аки может находится под контролем Фантомов и если он заметит в ее поведении нечто странное, то он немедленно должен арестовать ее. Хейн видит, что Грэй колеблется и назначает еще и своих людей, дабы те приглядывали как за Аки так и за Deep Eyes.

Седьмая миссия приводит Аки и сопровождающий ее отряд в пустоши, где они находят труп солдата. Дух является одноклеточным организмом, который является источником питания оружия солдата. Внезапное появление Фантомов вынуждает Аки и Deep Eyes покинуть пустоши, но Аки испытывает некоторые трудности с контролем Фантома внутри себя без седьмого духа. Люди Хейна пытаются взять ситуацию в свои руки и арестовать Грэя и Аки, но другие члены Deep Eyes и случайная атака Фантома, помогают им одержать верх над людьми генерала. К сожалению, шальная пуля одного из подопечных генерала попадает в терминал на груди Аки и повреждает его. Корабль возвращается в Нью-Йорк.

Действия Грэя развязывают руки Хейну и он берет контроль над ситуацией. Он обыскивает комнату Аки в целях найти любые доказательства, которые он может использовать против нее и Сида. Его устраивают записи снов Аки, глядя на которые он утверждается во мнении, что она под контролем Фантомов.

Сид и Грэй тем временем заняты имплантацией седьмого Духа в тело Аки, для этого Грэй подключается к сну Аки. Членов отряда Deep Eyes, Сида и пришедшую в себя Аки, арестовывают.

Хейн берет взвод самых доверенных людей, включая давнего товарища, майора Элиота и направляется в контрольную рубку барьера. Он считает, небольшая демонстрация разрушающей силы Фантомов окончательно убедит совет и тот даст ему разрешение использовать Зевс. Он деактивирует одно из полей, чтобы Фантомы могли слегка проникнуть в город. Но он недооценивает навык Фантомов путешествовать в энергетических потоках, снабжающих барьер и в итоге целый город попадает под атаку Фантомов, а выживавшие эвакуированы. Элиота убивают Фантомы на глазах Хейна.

Deep Eyes, Аки и Сид сбегают из тюрьмы. Сид объясняет, что их единственная возможность теперь заключается в том, чтобы найти восьмого духа и присоединить его к остальным, прервав существование Фантомов в целом. Они воруют машину для передвижения по городу, но в процессе погони Рьяна ранят. Он заставляет их идти дальше, а ему просит оставить лишь оружие. Оставшиеся члены Deep Eyes приходят к кораблю Аки, но его необходимо отшвартовать. Этим начинает заниматься Нейл, защищать его остается Джейн. Нейл достигает успеха , но внезапно атакуют Фантомы и убивают как его так и Джейн. Рьян тоже погибает. Гнев и печаль Грэя не знают границ и он даже хочет остаться в городе, но Аки спасает его в самый последний момент.

Доктор Сид обнаруживает, что восьмой Дух принадлежит Фантому внутри Кратера Фантомов, образовавшегося тогда, когда рухнул метеорит. Аки и Грэй намереваются спустится туда и заполучить последнего Духа.

Генерал Хейн преодолевает раскаянье от содеянного и решает покончить жизнь самоубийством, но перед тем как спустить курок, его посещает одна мысль. Он решает прилететь на пушку Зевс и непосредственно из нее уничтожить Фантомов раз и навсегда. На пути туда, он получает сообщение совета, разрешающего ему использовать Зевс.

Хейн стреляет из Зевса прежде чем Аки и Грэй получаются восьмого Духа и он погибает от выстрела. Хейн продолжает стрелять, Аки и Грэй видят огромное существо, которое как решает Сид, является Гаей мира инопланетян. Они пытаются уговорить Хейна прекратить стрельбу, но он не желает и слушать и продолжает стрелять. Последний выстрел поражает само сердце Гайи. Зевс перегревается, но Хейн продолжает стрелять и это приводит к полному уничтожению всей орбитальной станции.

Аки находит другого восьмого Духа: Фантом внутри Аки реагирует на близость Гайи и она изменяет его, превращая в восьмой Дух. Она соединяет свой нагрудный терминал с щитами корабля, переводя на него тем самым волну. Фантомы соприкасающиеся с кораблем распыляются. Тем не менее, ей все еще нужно спроецировать волну на всех Фантомов. Последний выстрел Зевса практически смертельно ранит Грэя и он позволяет инопланетной Гае взять свою душу соединенную с восьмью Духами, что распространяет волну на всех Фантомов, нейтрализуя их, так как все обитатели планеты напрямую связаны с Гаей. С Фантомами покончены и Земля начинает свое восстановление.